Esta historia transcurre tres años después del juego anterior, “Atelier Ryza: Ever Darkness & the Secret Hideout”, y muestra el reencuentro entre Ryza y sus amigos, que pasarán por encuentros y desencuentros y descubrirán un tesoro valiosísimo.
Han pasado tres años desde la gran aventura secreta de Ryza en Kurken Island. Ryza, la única de su grupo en quedarse en la isla, recibe una carta sobre ruinas relacionadas con la alquimia y una petición relacionada con una piedra brillante. Eso le inspira a dejar la isla y acudir a la royal capital, Ashra-am Baird. Sin embargo, Ryza no puede imaginarse que esto será el comienzo de una nueva aventura en la que investigará los misterios de la ciudad y se encontrará con una criatura que cambiará su vida.
El juego incluye: