La historia comienza con Niobe, capitán de la Logos, y Ghost, su segundo de a bordo, donde deben recuperar un mensaje en Matrix de la tripulación de la nave rebelde destruido recientemente Osiris. Después de ser perseguido por Agentes, Ghost y Niobe escapan de Matrix con el paquete, que resulta ser un mensaje para la ciudad humana Zion, advirtiéndoles de que las máquinas se acercan con un ejército de Centinelas. Niobe y Ghost tienen la tarea de llamar al resto de las naves de regreso a Sión para coordinar una defensa.
El juego incluye:
